青海大学医学院中医系成立于1971年11月，当年开始招收中医学本科专业，1998年开设中医学专业中西医临床医学专业方向，2006年开设中医学专业全科医学专业方向，2006年开设针灸推拿学专业。2000年获批中西医结合临床硕士学位授权点，2002年青海省教育厅、青海省外事办批准中医学专业为外国留学生培养点，2015年获批中医专业学位硕士研究生授权点。2016年经青海省教育厅批准，开设了康复治疗学专业。中医学作为三江源生态学科群“高原环境与健康”方向的组成部分，2017年成功入选国家“双一流”建设行列，2019年中医学专业入选省级一流本科专业建设。2019年获批国家中医药管理局全国中医药高层次人才培养基地。2020年获批青海省糖脂代谢疾病防控中医药重点实验室。2021年获批中医学一级学科博士点，中医学、中西医结合一级学科硕士点。2021年通过教育部中医学专业认证。2022年中医学专业入选国家级一流本科专业。

中医系经过多年的发展，形成了以本科教育为主，研究生教育为延伸，成人教育、留学生教育为补充的教育体系。自成立至今，培养中医药本科人才3000余名（中医学专业至今招收学生52届，针灸推拿学专业至今招收学生4届），毕业2600余名，在读400余名。共招收硕士研究生21届，毕业200余人。为省内外各级医疗机构输送了大批高素质的中医药人才。

中医系现有教职工27名，专任教师24人，其中教授7名，副教授9名。博士6名。硕士研究生导师10名，第四批全国中医基础优秀人才1名，全国中医药创新骨干人才3名，省级学科带头人3名，省级教学骨干1名。